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第一章 生物信息数据库1

第一节 核酸序列数据库1

第二节 蛋白质序列数据库9

第三节 基因组数据库16

第四节 结构数据库18

第五节 项数据库23

第二章 网络构建31

第一节 Cytoscape简介31

第二节 Cytoscape的安装32

第三节 创建网络35

第四节 Cytoscape插件的应用39

第五节 可视化工具GeneMANIA49

第三章 幼年与老年快速老化小鼠海马中差异表达基因谱分析52

第四章 成年与老年快速老化小鼠海马中差异表达基因谱分析73

第五章 miRNA相关研究90

第一节 miRNA简介及miRNA检测90

第二节 miRNA靶基因预测91

第三节 基于生物信息学的miRNA靶基因功能分析95

第六章 大鼠脊髓蛋白组生物信息学分析98

第七章 LncRNA数据生物信息学分析111

第一节 LncRNA的定义及来源111

第二节 LncRNA相关信息查找112

第三节 大鼠LncRNA全序列查找117

第八章 DNA甲基化检测121

第一节 DNA甲基化概述121

第二节 DNA甲基化的预测125

第三节 MeDIP-PCR检测eif5a基因在脊髓损伤大鼠腓肠肌的DNA甲基化改变127

第九章 如何从已知靶基因预测与其相互作用的miRNAs133

第一节 用TargetScan预测调控BDNF mRNA的miRNAs133

第二节 用miRanda预测调控BDNF mRNA的miRNAs135

第三节 用miRDB预测调控BDNF mRNA的miRNAs136

第四节 用miRwalk预测调控BDNF mRNA的miRNAs138

第五节 根据需要建立各网站预测结果交集139

第六节 预测中需要注意的问题141

第十章 染色质免疫共沉淀技术142

第一节 ChIP技术现状背景及实验原理142

第二节 ChIP实验后续技术146

第十一章 生物信息学预测蛋白质相互作用159

第一节 常用的蛋白质相互作用及信号传导相关数据库160

第二节 常用的蛋白质相互作用可视化工具167

第三节 常用的蛋白质序列数据库169

第四节 蛋白质功能、结构域和蛋白质家族有关的数据库171

第十二章 利用生物信息学设计PCR引物及探针175

第一节 聚合酶链反应和荧光定量聚合酶链反应的原理与方法175

第二节 引物探针设计的生物信息学178